Çüngüş ilçesi Diyarbakır ilinin kuzey batısında 38 derece, 13 dakika doğu boylamı ve 39 derece, 17 dakika kuzey paralel arasmda yer alır. Güneydoğu Toros dağlarının güney eteğinde, Fırat nehrine kansan Çüngüş çayı üzerinde yer alan Hendek vadisinde kurulmuştur.
Diyarbakır ilinin dağlık kuzey batı kesiminde yer alan Çüngüş´ün en önemli yüzey şekli kuzey ve orta kesimim boydan boya engebelendiren, güneybatı-Kuzey doğu doğrultulu Maden dağlarıdır. Bu sıra dağın en yüksek noktası Akdağdır. (2230m.) Karaoğlan, Zarga ve püsküllü dağı öteki önemli yükseltilerdir, İlçe toprakları 2. ve 3. derecede deprem kuşakları içinde kalmaktadır.
İlçe topraklarının suları, Fırat Irmağının kollarınca toplanır, İlçenin en önemli akarsuyu olan Çüngüş çayı Maden dağlarından doğar ve Fırat´a akar yer, yer meşe ile ardıç ormanları ve çalılıklar doğal bitki örtüsünü oluşturur. Akarsu vadilerinin tabanlarında, ova sayılabilecek küçük düzlüklere rastlanır.